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Produttività

Con il termine "produttività" si fa rifimento alla quantità di basi che è possibile sequenziare in una corsa utilizzando una intera flow-cell. Tale valore va letto contestualmente al tempo impiegato e alla lunghezza dei frammenti sequenziati.

La tabella sottostante riporta la produttività massima della piattaforma HiScanSQ.

 

Read Length N° of Reads (million) Output (Gb) Run time (days)
1x35 750 23-26 ~ 1.5
2x50 1500 67-75 ~ 4.5
2x100 1500 135-150

~ 8.5

 

La produttività si riflette direttamente sul "sequencing depth", ovvero un valore medio che indica il numero di volte che viene sequenziata la stessa coordinata genomica.

Questo parametro è di fondamentale rilevanza per la succesiva analisi dei dati e risulta essere molto variabile in base al tipo di materiale genetico di partenza e al numero di campioni analizzati contemporanamente sulla stessa flow-cell.

Sequenziando su una flow-cell 16 campioni con approccio paired-end 2x100 bp, in media si stimano:

  • depth 15x nel caso di DNA-seq
  • depth 40x nel caso di RNA-seq
  • depth 150x nel caso di Exom-seq