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HiScanSQ

HiScanSQ Illumina è il sistema per il sequenziamento massivo di cui dispone il Centro interdipartimentale di ricerche sul cancro "Giorgio Prodi" - CIRC.

Insieme al sistema cBot per la generazione dei cluster e il parco hardware per l'analisi bioinfomatica esso costituisce la piattaforma genomica tecnologicamente più avanzata di cui si avvale il Centro per condurre le proprie ricerche.

HiScanSQ è l'unità fisica in cui avviene il sequenziamento e in cui è allocata la microfluidica della strumentazione.

La tecnologia analitica, che prende il nome di "sequencing sy synthesis", è basata sull'utilizzo di nucleotidi modificati per aggiunta di un gruppo fluoroforo, i quali sono inoltre dotati di un gruppo chimico reversibile che funge da terminatore.

L'utilizzo di tali nucleotidi consente la reazione di sequenziamento contemporaneamente su tutti i cluster presenti sulla flow-cell indipendentemente dal tipo di nucleotide che deve essere incorporato (A,C,G,T). Solo dopo la rimozione del terminatore è possibile infatti proseguire con il ciclo successivo.

Data la capacità di sequenziare in parallelo decine di milioni di sequenze, la tecnologia HiScanQS si rivela particolarmente adatta per il sequenziamento di interi genomi, esomi o trascrittomi.

Inoltre, la possibilità di adottare approcci diversi (single read o paired-end) fa del sequenziatore uno strumento estremamente versatile e particolarmente idoneo agli studi sulla genetica del cancro.