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Lo studio del genoma al CIRC

Il Centro interdipartimentale di ricerche sul cancro “Giorgio Prodi” - CIRC dell'Università degli Studi di Bologna ha investito fortemente negli ultimi anni nel campo dell’analisi genomica dei tumori, acquisendo due strumentazioni di elevato contenuto tecnologico per lo studio del genoma del cancro. Il CIRC è l’unica struttura a Bologna a disporre di queste tecnologie avanzate e del personale e delle competenze per interpretarne i risultati.

Nell’aprile del 2006, grazie al finanziamento della Fondazione Cassa di Risparmio di Bologna, ha acquisito la strumentazione Affymetrix, che consente di analizzare l’espressione genica, di caratterizzare i polimorfismi del DNA ed effettuare analisi citogenetiche ad altissima risoluzione. Attualmente la strumentazione consente di quantificare su un solo chip più di 30,000 trascritti codificanti e più di 11,000 long non-coding RNA, o di rilevare fino a 5.32 milioni di marcatori sul DNA per analisi di copy number e di genotyping, e di genotipizzare 1,936 SNP e varianti complesse su 231 geni di interesse farmacogenetico.

Nel gennaio 2012, grazie a finanziamenti propri del Centro Interdipartimentale stesso, donazioni liberali della Fondazione Isabella Seràgnoli, e finanziamenti personali dei Professori Guido Biasco, Andrea Pession e Stefano Pileri, ha acquisito la strumentazione per il sequenziamento massivo parallelo Next Generation Sequencing (NGS), una tecnologia innovativa e altamente versatile che permette il sequenziamento di DNA e RNA ad elevate prestazioni. La macchina acquisita, Illumina HiScanSQ, ha una produttività massima di 150 Gb e permette di sequenziare contemporaneamente fino a 1.5 miliardi di sequenze di acidi nucleici per ciascuna run, impiegando un tempo medio di 10 giorni. A fianco della strumentazione laboratoriale, il CIRC “G.Prodi” si e' dotato di un server per l'analisi dei dati prodotti mediante NGS. Il parco hardware consiste di una memoria di storage di 20TB, 128 GB di RAM e 48 core.