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SNP-array

Gli SNP-array sono chip contenenti sonde specifiche per polimorfismi a nucleotide singolo (SNP) distribuiti uniformemente sul genoma. Possono essere utilizzati sia per analisi citogenetiche ad alta risoluzione che per studi di associazione cosiddetti "genome-wide". Nel primo caso forniscono un'immagine dettagliata delle alterazioni che si accumulano a livello del genoma della cellula tumorale, quali le acquisizioni o perdite di segmenti cromosomici anche microscopici. Nel secondo vengono usati per identificare le varianti genetiche, di per sè comuni nella popolazione, che si riscontrano più frequentemente negli individui che sviluppano una determinata patologia, fra cui i tumori.

Citogenetica

Gli SNP-array costituiscono attualmente il metodo più avanzato di analisi citogenetica, che permette la contemporanea determinazione del copy numbercon risoluzione dell'ordine della Kb, e degli eventi di Loss of Heterozygosity (LOH) e Uniparental Disomy (UPD). La molteplicità di informazioni deriva dalla possibilità di interpretare il dato sulle sonde SNP sia a livello qualitativo (genotyping) che quantitativo (numero di copie di DNA in corrispondenza di ogni marker genetico). In campo oncologico permettono di identificare le aberrazioni cromosomiche e criptiche, al fine di identificare nuovi oncogeni e oncosoppressori.

Human SNP array 6.0: Il chip più utilizzato per la citogenetica ad alta risoluzione nel cancro. Contiene 906,600 sonde SNP e più di 946,000 probe per regioni di copy number variation (CNV). La distanza mediana fra marcatori SNP e CNV combinati è inferiore alle 700 bp.

Whole Genome Cytogenetics 2.7M: Il chip di nuova generazione per analisi citogenetiche. Fornisce la più alta risoluzione, con più di 2.7 milioni di marcatori CNV e la più alta copertura di geni RefSeq, miRNA, cancer e haploinsufficient genes. Include inoltre 400,000 SNP per consentire la detection di LOH e UPD. Si avvale di un protocollo più rapido e semplificato (PCR-free).

Associazione

Gli studi GWAS (Genome-wide association studies) permettono di identificare le varianti genetiche (SNP) fra vari individui, come fattori di rischio di una patologia o per predire la risposta ad un farmaco. In campo oncologico trovano applicazione nella ricerca dei locus genetici che conferiscono un maggior rischio di sviluppare vari tipi di tumore.

Per tali studi gli SNP-array fungono da chip di genotyping massivo. Gli array più utilizzati sono tuttora i Mapping 500K, che contengono 500,000 marcatori polimorfici distribuiti su due chip, anche se possono essere utilizzati anche i chipSNP6.0 usati in citogenetica.

I chip di genotyping possono infine essere utilizzati in studi di genetica classica per analisi di linkage ad alta risoluzione su famiglie che segregano una particolare patologia.