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Panoramica

Il CIRC dispone di una piattaforma Affymetrix per analisi whole genome di gene expression, copy number, studi di associazione di SNP e CNV, farmacogenomica (DMET) e tiling (ChIP e methylation). L'accesso alla strumentazione è aperto agli aderenti al CIRC e a gruppi di ricerca esterni.

ll Core Lab Affymetrix presso il Centro Interdipartimentale di ricerche sul cancro "G. Prodi" - CIRC supporta la ricerca clinica, preclinica e di base fornendo l'accesso alle tecnologie ad alta risoluzione di analisi del DNA e RNA.

L'acquisto della strumentazione e il set up della facility sono state possibili grazie al finanziamento della Fondazione Cassa di Risparmio di Bologna.

A partire dalla sua istituzione nel 2006, in tre anni di attività, ha processato più di 500 campioni per l'analisi di espressione genica e più di 1000 campioni per studi di citogenetica e copy number.

La tecnologia Affymetrix si basa sulla sintesi di corte sonde oligonucleotidiche su un chip di silicio della dimensione di poco più di 1 cm. Su questo supporto sono presenti centinaia di milioni di sequenze che fungono da sonde specifiche per il DNA o RNA del campione che si vuole interrogare.

L'enorme numero di sonde presenti sul chip consente di misurare esattamente quali geni sono attivi e quali spenti fra tutti quelli che una cellula, normale o tumorale, può esprimere. Permette inoltre di disegnare una mappa dettagliatissima del genoma della cellula, fornendo un quadro ad alta risoluzione delle alterazioni cromosomiche, anche microscopiche, che la cellula ha acquisito nel percorso da cellula normale a tumorale.