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AFFYMETRIX: risultati ottenuti

L'attività di Affymetrix ha visto un crescita iniziale nei primi anni, con un picco di attività nel 2008-2009, per poi assestarsi su una media di circa 400 campioni analizzati all’anno. L’attuale numero di campioni processati all’anno è stimato attorno al 40% del potenziale dello strumento inteso come giorni di attività. Dalla metà del 2006 al Dicembre 2012 sono stati analizzati un totale di 3100 campioni, quasi completamente derivanti da campioni tumorali di pazienti e solo per una piccola parte derivanti da modelli in vitro o in vivo di tumori umani. L’attività prevalente è stata l’analisi citogenetica ad alta risoluzione (copy number), che ha occupato più del 60% dell’attività complessiva (1933 analisi).

Risultati ottenuti

Numerosi progetti di ambito oncologico sono stati svolti sulla piattaforma Affymetrix.
I principali progetti sono riassunti in tabella:

Progetti conclusi e in corso

Prof. Guido Biasco

  • Profilo di espressione delle metastasi epatiche da carcinoma colorettale
  • Profilo di espressione dei tumori gastro-intestinali stromali (GIST)
  • SNP array profiling nelle metastasi epatiche da carcinoma colorettale
  • SNP array profiling nei GIST

Prof. Giovanni Martinelli

  • SNP array profiling Leucemie Acute linfoblastiche Ph+ e Ph-
  • SNP array profiling Leucemie Acute Mieloidi
  • SNP array profiling Leucemie Mieloidi Croniche
  • Profilo di espressione nelle CML in relazione al rischio Sokal

Prof. Michele Cavo

  • Profilo di espressione nel MM in relazione alla risposta ai farmaci

Prof. Stefano Pileri

  • Profilo di espressione nei linfomi dell’adulto
  • SNP array profiling nei linfomi dell’adulto

Prof. Andrea Pession

  • Profilo di espressione nelle leucemie acute linfoblastiche T-lineage
  • SNP array profiling nelle leucemie acute linfoblastiche T-lineage

Prof. Piero Picci – Dott.ssa M.C. Benassi

  • Profilo di espressione nei tumori a cellule giganti dell’osso
  • Profilo di espressione del ruolo di NG2 nella malignità dei tumori ossei

Dott.ssa Katia Scotlandi

  • Profilo di espressione nei sarcomi di Ewing
  • Profilo di espressione dell’espressione di CD99 negli osteosarcomi
  • Analisi di espressione genica dell’inibizione di IGF1R in cellule sensibili e resistenti

Prof. Andrea Facchini – Dott.ssa R.M. Borzi

  • Profilo di espressione del ruolo di NFkB nell’osteoartrite
  • Profilo di espressione del ruolo di MMP13 nell’osteoartrite

Dott. Giampaolo Ricci – Prof. Andrea Pession

  • Identificazione di SNP associati all’asma in bambini allergici

Prof. Mauro Bernardi – Prof. Massimo Derenzini

  • Profilo di espressione del danno da preservazione nel trapianto di fegato

Dott.ssa Alessandra Bordoni – Prof.ssa Annalisa Pession

  • Profilo di espressione della prevenzione dell’ischemia cardiaca mediante PUFA

Dott. Luca Fontanesi

  • Profilo di espressione nel muscolo post-mortem

Dr. Elena Bonora – Prof. Giovanni Romeo

  • Caratterizzazione genetica del ritardo mentale (Progetto europeo Cherish)

Dr. Daniel Remondini

  • Profilo di espressione in cellule esposte a raggi X, gamma e protoni

L’attività della strumentazione ha portato alla pubblicazione di almeno 41 lavori in extenso, su riviste scientifiche di alto impatto, di seguito brevemente elencate:

  • Nannini M, et al. Future Oncol. 2013 Jan;9(1):121-6.
  • Bertucci F, et al. Br J Cancer. 2012 Oct 9;107(8):1433-41.
  • Mijatovic V, et al. BMC Bioinformatics. 2012;13 Suppl 14:S7.
  • Rossi M, et al. Adv Hematol. 2012;2012:464680.
  • Iacobucci I, et al. PLoS One. 2012;7(7):e40934.
  • Garofalo C, et al. Mol Endocrinol. 2012 Sep;26(9):1603-16.
  • Iacobucci I, et al. Pharmacogenomics J. 2012 May 15.
  • Pantaleo MA, et al. Histopathology. 2011 Dec;59(6):1071-80.
  • Iacobucci I, et al. Curr Hematol Malig Rep. 2012 Jun;7(2):133-43.
  • Tonelli R, et al. Clin Cancer Res. 2012 Feb 1;18(3):796-807.
  • Porro A, et al. Mol Cancer Res. 2011 Aug;9(8):1054-66.
  • Danesi F, et al. Br J Nutr. 2011 Aug;106(4):540-8.
  • Fontanesi L, et al. Meat Sci. 2011 Aug;88(4):604-9.
  • Iacobucci I, et al. Clin Cancer Res. 2011 Dec 1;17(23):7413-23.
  • Visani G, et al. PLoS One. 2011;6(11):e27560.
  • Messina M, et al. Br J Haematol. 2011 Mar;152(6):727-32.
  • Iacobucci I, et al. Leuk Res. 2011 Aug;35(8):1052-9.
  • Ricci G, et al. PLoS One. 2011 Feb 16;6(2):e16912.
  • Garofalo C, et al. Oncogene. 2011 Jun 16;30(24):2730-40.
  • Piccaluga PP, et al. Blood. 2011 Mar 31;117(13):3596-608.
  • Pantaleo MA, et al. J Transl Med. 2010 Nov 15;8:117.
  • Pazzaglia L, et al. Histopathology. 2010 Jul;57(1):59-72.
  • Serravalle S, et al. Leuk Res. 2010 Nov;34(11):e292-3.
  • Iacobucci I, et al. Haematologica. 2010 Oct;95(10):1683-90.
  • Astolfi A, et al. Lab Invest. 2010 Sep;90(9):1285-94.
  • Biagi C, et al. Leukemia. 2010 Jun;24(6):1230-3.
  • Piva R, et al. J Clin Oncol. 2010 Mar 20;28(9):1583-90.
  • Hartmann S, et al. Br J Haematol. 2010 Feb;148(3):402-12.
  • Rocchi A, et al. J Clin Invest. 2010 Mar;120(3):668-80.
  • Pantaleo MA, et al. Int J Cancer. 2009 Dec 15;125(12):2991-4.
  • Iacobucci I, et al. Blood. 2009 Sep 3;114(10):2159-67
  • Martinelli G, et al. J Clin Oncol. 2009 Nov 1;27(31):5202-7.
  • Iacobucci I, et al. Leukemia. 2010 Jan;24(1):66-73
  • Scotlandi K, et al. J Clin Oncol. 2009 27(13):2209-16.
  • Trageser D, et al. J Exp Med. 2009 Aug 3;206(8):1739-53.
  • Evangelisti C, et al. Cell Signal. 2009 21(5):801-9.
  • Nannini M, et al. Cancer Treat Rev. 2009 35(3):201-9.
  • Pantaleo MA, et al. Br J Cancer 2008 99(10):1729-34.
  • Piccaluga PP, et al. Cancer Res. 2007 67(22):10703-10.
  • Piccaluga PP, et al. J Clin Invest. 2007 117(3):823-34.
  • De Falco G, et al. Blood. 2007 110(4):1301-7.

Seminari, convegni, collaborazioni

“Le piattaforme di genomica in ateneo: opportunità, prospettive e utilizzo”. 9 Novembre 2007, Via Belmeloro 14, Bologna.

Research to Business 2007, 3-4 Maggio 2007, Quartiere Fieristico, Piazza Costituzione, Bologna.

Realizzazione del video: “All’interno del genoma umano: il contributo della Fondazione Carisbo alle ricerche oncologiche del Centro Interdipartimentale di Ricerche sul Cancro Giorgio Prodi”, che è stato proiettato presso la sala Conferenze Fondazione Carisbo, via Farini 15 – Bologna, in data 11 Marzo 2009.

Notte dei Ricercatori 2009, con un intervento dal titolo: “L’impronta digitale del cancro”. Microconference con prof. Guido Biasco, Dott.ssa Maria Abbondanza Pantaleo, Dott.ssa Annalisa Astolfi, Dott.ssa Margherita Nannini – UNIVERSITÀ DI BOLOGNA. 25 Settembre 2009, Aula V - Palazzo Poggi, via Zamboni 33, Bologna.

Adesione al progetto DUCK (Distributed Unified Computing for Knowledge), un accordo di Collaborazione con l’obiettivo di creare un contesto multi-disciplinare e sinergico per risolvere problemi comuni di calcolo, identificare e/o potenziare servizi e strutture di calcolo distribuito.