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Caratterizzazione Genomica di Pazienti affetti da Cancro del Pancreas tramite NGS

Nell’ambito del finanziamento ottenuto tramite il progetto PRIN 2009 “Nuove strategie terapeutiche nel cancro del pancreas” coordinato dal Prof. Boggi (Università di Pisa), la nostra unità si è proposta di effettuare una analisi genomica integrata della risposta alla chemio-radioterapia neoadiuvante nel trattamento dell'adenocarcinoma pancreatico resecabile e localmente avanzato (Modello B -coordinatore Prof. Minni).

Presso il Policlinico S.Orsola-Malpighi è attivo uno studio prospettico randomizzato sulla chemioterapia neoadiuvante associata alla chirurgia rispetto alla chirurgia in prima battuta nei pazienti affetti da adenocarcinoma pancreatico resecabile (EUDRACT 2007-000557-611). L’obiettivo primario dello studio è quello di verificare se il tasso di resezioni chirurgiche R0 sia superiore nel gruppo trattato con chemioradioterapia neoadiuvante rispetto a quello trattato con la sola chirurgia. Alla luce delle recenti acquisizioni nel campo di biologia molecolare in questo trial si è inserita l’analisi genomica dei campioni in studio, tramite metodiche di NGS, al fine di identificare marcatori genetici potenzialmente predittivi di risposta al trattamento neoadiuvante. L’obiettivo di tale analisi è quello di selezionare i pazienti che meglio rispondono alla terapia neoadiuvante, riservando la chirurgia al gruppo di pazienti che non possono beneficiare del trattamento medico. L’integrazione di tali informazioni con i dati clinici di sensibilità o resistenza alla terapia neoadiuvante consente di identificare predittori molecolari, validati a livello funzionale in modelli in vitro.

Lo studio, inizialmente subordinato al protocollo EUDRACT 2007-000557-611, è stato progressivamente ampliato (previa approvazione del comitato etico) con campioni ottenuti da pazienti affetti da adenocarcinoma localmente avanzato e metastatico, per una caratterizzazione completa di ogni stadio della malattia.

L’analisi dei campioni, ottenuti dal pezzo chirurgico per i pazienti sottoposti ad intervento, oppure da frammenti bioptici per pazienti affetti da malattia avanzata, consiste nell’estrazione di DNA ed RNA e nella seguente analisi di whole-transcriptome paired-end sequencing, con elaborazione bio-informatica dei dati.

Nel complesso questo studio si propone principalmente due obiettivi; da un lato quello di ottenere una caratterizzazione genica dei campioni tale da confermare o identificare alterazioni che possano guidarci nella diagnosi precoce del cancro del pancreas, quindi marcatori di progressione da lesioni precancerose a malattia resecabile ed in seguito metastatica; dall’altro invece quello di ottenere informazioni utili alla cura dei pazienti, grazie all’individuazione di marcatori molecolari utili a stratificare i pazienti, selezionandoli per i trattamenti specifici (chemioterapie, terapie a bersaglio molecolare, trattamenti integrati).

I risultati così ottenuti possono diventare parti integranti della pratica clinica per offrire ai pazienti un trattamento personalizzato, grazie all’identificazione di specifiche caratteristiche genetiche della propria malattia.

Disegno dello studio

L’arruolamento coinvolge pazienti affetti da adenocarcinoma pancreatico, in ogni stadio di malattia. L’analisi molecolare sarà effettuata sul materiale biologico ottenuto tramite:

  • Pezzo operatorio in caso di pazienti sottoposti ad interventi chirurgici
  • Prelievo bioptico eseguito ad intento diagnostico in caso di malattia non operabile

Su ciascun campione così ottenuto verrà condotta un’analisi molecolare globale che comprende:

  • Whole transcriptome paired-end sequencing mediante Illumina HiScanSQ platform (Illumina, San Diego, CA)
  • Studio di genotyping mediante Genome-Wide Human SNP Array 6.0 prodotto da Affymetrix (Santa Clara, CA)

Direttore

Prof. Guido Biasco

Responsabile Studi di Patologia Pancreatica

Dott.ssa Mariacristina Di Marco

Responsabili Analisi di Laboratorio ed Elaborazione Dati

  • Dott.ssa Annalisa Astolfi
  • Dott.ssa Valentina Indio

Collaboratori

SSD Oncologia Medica Biasco

  • Dott.ssa Marina Macchini
  • Dott.ssa Silvia Vecchiarelli
  • Dott.ssa Elisa Grassi

SSD Trapianti di Fegato Sama / Servizio di Ecografia

  • Dott.ssa Carla Serra

U.O Chirurgia Generale Minni

  • Prof. Francesco Minni
  • Prof. Riccardo Casadei
  • Dott. Claudio Ricci
  • Dott.ssa Marielda D’Ambra

U.O Chirurgia Generale Pinna

  • Prof. Antonio Daniele Pinna
  • Dott. Giorgio Ercolani

U.O Anatomia e istologia Patologica ff. Grigioni

  • Dott.ssa Donatella Santini

SSD Diagnostica Istopatologica e Molecolare degli organi solidi e del relativo trapianto – D’Errico

  • Prof.ssa Antonietta D’Errico

U.O Medicina Interna Corinaldesi

  • Dott. Raffaele Pezzilli